Magnes zawiera stosunkowo dużą ilość ciekłego  helu i  azotu. Ciecze te, noszące nazwę cieczy kriogenicznych, mają utrzymywać bardzo niską temperaturę rdzenia magnesu.

Ponieważ ciecze kriogeniczne mają bardzo niską temperaturę, podczas pracy z nimi należy zawsze nosić rękawice, koszulę z długim rękawem lub fartuch laboratoryjny oraz gogle ochronne. Bezpośredni kontakt z takimi cieczami może spowodować odmrożenia. Osoba zarządzająca spektrometrem powinna regularnie sprawdzać i upewniać się, czy parujące gazy mogą swobodnie ulatniać się z magnesu, czyli czy zawory wylotowe nie są zablokowane. Nie wolno uzupełniać helu i azotu w magnesie, jeśli dana osoba nie została przeszkolona w zakresie odpowiedniego postępowania.

Hel i azot są gazami nietoksycznymi. Ze względu jednak na możliwość rozładowania magnesu,  w przypadku którego może nastąpić nagłe wypełnienie pomieszczenia odparowanymi gazami, zawsze włączona musi być odpowiednia wentylacja.