W odniesieniu do  bezpieczeństwa elementem odróżniającym spektrometry NMR od większości innych urządzeń laboratoryjnych jest występowanie stosunkowo silnego magnesu. Należy na to zagadnienie zwrócić największą uwagę przy projektowaniu laboratorium NMR bądź szkoleniu osób pracujących w laboratorium lub w jego pobliżu. Jeśli przestrzega się odpowiednich procedur, praca w pobliżu magnesów nadprzewodzących jest całkowicie bezpieczna i nie występują żadne znane efekty uboczne wpływające na zdrowie. Nieprzestrzeganie zaleceń może jednak powodować poważne wypadki.

Magnes  stanowi potencjalne źródło zagrożenia z następujących względów: