Il  magnete genera il campo magnetico necessario per indurre transizioni NMR. Per mantenere la superconduttività del sistema, il nucleo del magnete viene raffreddato a temperature molto basse, usando azoto ed elio liquidi (per ulteriori dettagli si rinvia alla sezione Magnete e contenitore Dewar del magnete).

Lo shim system  a temperatura ambiente, montato all'estremità inferiore del magnete, è un set di bobine elettro-conduttive (chiamate "shim"), usate per massimizzare l'omogeneità del campo tramite compensazione di qualsiasi disomogeneità. Le correnti di queste bobine di shim a temperatura ambiente (in quanto non vengono raffreddate tramite immersione in un bagno di elio liquido) vengono controllate dal sistema Bruker di controllo intelligente del magnete BSMS e possono essere ottimizzate dal display del BSMS  per perfezionare il segnale NMR. Ciò ha un effetto rilevante sulla risoluzione e sulla sensibilità del segnale. Quest'azione di adattamento delle correnti alle bobine di shim a temperatura ambiente viene indicata come  azione di shimming (o shimmatura) del magnete.

Sebbene l' HPPR (preamplificatore ad alta prestazione) trasporti il segnale trasmesso al campione, il suo compito principale è amplificare i segnali relativamente deboli emessi dal campione. Esso è situato alla base del magnete per amplificare il segnale NMR il prima possibile, riducendo così al minimo perdite di segnale lungo il cavo. Una volta che il segnale è stato amplificato con l'HPPR, qualsiasi perdita successiva di segnale all'interno del cavo è meno critica. L'HPPR trasmette inoltre i segnali di lock del deuterio (o del fluoro) e viene usato nella routine di sintonizzazione. È possibile configurare fino a 5 singoli moduli (HPPR) o 8 singoli moduli ( HPPR/2), ad esclusione del modulo di copertura, sempre presente. Una configurazione molto comune, composta da tre singoli moduli è quella del protone, X-BB e 2H, insieme al modulo di copertura.

La sonda viene inserita nel sistema di shim alla base del magnete e si compone essenzialmente di varie bobine, usate per trasmettere gli impulsi di eccitazione al campione oltre che per ricevere il segnale emesso. La sonda trasmette e riceve anche il segnale di lock.