Der vergleichsweise starke Magnet ist der sicherheitsrelevante Aspekt, in dem sich NMR-Spektrometer von den meisten anderen Laborgeräten unterscheiden. Bei der Auslegung eines NMR-Labors oder der Ausbildung von Personal für die Arbeit im oder im Umfeld des Labors ist kein anderer Aspekt von größerer Bedeutung. Solange die korrekten Verfahrensweisen eingehalten werden, ist das Arbeiten in der Umgebung von supraleitenden Magneten absolut sicher und ohne bekannte schädliche medizinische Nebenwirkungen. Nachlässigkeiten können jedoch schwere Unfälle zur Folge haben.

 Der Magnet stellt aus zweierlei Gründen eine potenzielle Gefahrenquelle dar: