A  homogeneização é um processo que efetua pequenos ajustes no campo magnético até otimizar a  homogeneidade do campo (uniformidade). O melhoramento da homogeneidade resulta numa melhor  resolução espectral. É necessário repetir o processo de homogeneização sempre que uma sonda ou amostra é trocada. O gestor do sistema deverá ter armazenado valores de homogeneização adequados (nos chamados ficheiros de homogeneização) para cada sonda, reduzindo bastante o tempo de homogeneização necessário sempre que uma sonda é trocada.