La routine de compensation doit être exécutée à chaque changement d'échantillon. Elle implique des ajustements fins des éléments de compensation Z, Z², Z³, Z⁴ et Z⁵. Les champs magnétiques les plus élevés peuvent nécessiter des éléments de compensation Z d'ordre supérieur. L'administrateur du système a programmé TopShim  de sorte à obtenir la meilleure homogénéité pour chaque échantillon, et ce automatiquement

La procédure TopShim est basée sur une technique d'imagerie utilisant un gradient de champ magnétique ("gradient shimming"); la définition d'un critère de qualité de la forme de raie finale garantit les meilleurs résultats dans toutes les situations..

TopShim utilise par défaut le signal de RMN du deutérium dans le cas de solvants deutérés; dans les autres cas (solvants majoritairement protonés tel que H₂O) la procédure se base sur le signal de RMN du proton.